El Instituto Inmaculada Concepción fue fundado en Valdivia el 16 de marzo de 1883 con el nombre de “Colegio san Rafael” ubicado en Avda. Picarte; más tarde, en 1897 se trasladó a Yerbas Buenas 323, donde se levanta hasta hoy.
Datos de la crónica señalan que Madre Paulina recaló en Corral, Valdivia, los días 16 y 17 de noviembre de 1879, experiencia que marcará el especial vínculo entre la espiritualidad, el Colegio y los desafíos formativos en esta zona del Calle-Calle.
Con el histórico terremoto de 1960, el colegio sufrió serios daños estructurales que obligaron al cierre del reconocido Internado de Niñas. Un número significativo de estudiantes emigró a otros internados en Osorno y Temuco, con la consiguiente baja en la matrícula. La Capilla, construida entera con madera nativa de la zona, tras ceder una de las paredes que daba a Yerbas Buenas quedó transformada en escombros, salvándose solo y de milagro las imágenes de María Inmaculada y del Niño Jesús de Praga, que fueron rescatadas en forma intacta y que se conservan hasta hoy.
El 4 de junio de 1963 narra la crónica que se realizó la primera reunión para organizar el Centro de Exalumnas del Colegio, asistiendo 14 personas; a la segunda, el 12 de junio, concurren 50 eligiéndose un Directorio provisorio para organizar la participación del Centro en las fiestas Octogenarias.
El 3 de mayo de 1972 se conforma el Centro del Alumnas del Colegio con la elección de su directiva.
En 1999, en forma visionaria la Congregación decide abrir su Proyecto Educativo a una educación mixta desde Pre-Kinder a Cuarto Básico ampliándose en el 2005 a la Enseñanza Media.
El 24 de septiembre de 2001 el Ministerio de Educación aprueba por Decreto la Subvención con financiamiento compartido.
El 2002, a raíz de la falta de vocaciones, se cierra la Comunidad Religiosa del Instituto la que se fusionó con la de la Escuela Nuestra Señora del Carmen. Ello significó que las religiosas tuvieron que dejar físicamente el Colegio aun cuando su presencia pastoral se ha mantenido constante en el tiempo.
El 2004 por primera vez la Congregación nombra Directoras laicas en seis de sus colegios en Chile, el Instituto vive este cambio y se nombra a su actual Directora, la Srta. Ximena Bustamante Avila.
El 2005 el Instituto debe hacer frente a múltiples voces, entre ellas de Parlamentarios de la zona, quienes se oponen terminantemente a la construcción del nuevo edificio aduciendo que se echaría por tierra un edificio patrimonial. Sin embargo, ante la voz de peritos y expertos que ratifican la necesidad de reconstruir, la Hna. Luisa Pozo, Superiora Provincial de la Congregación, encabeza el proceso que se inició con el desmantelamiento del salón de actos, la sala de artes y música y el hall multipropósito, entre otros. Así se dio forma a un moderno edificio institucional cuya Capilla fue bendecida el 9 de abril de 2007 por Mons. Ignacio Ducasse Medina, Obispo de Valdivia, y que posee una especial particularidad. El Sagrario que acoge a Jesús Sacramentado, algunas de las bancas de la Capilla, además de las cruces que se exhiben en las salas de clases y oficinas del Instituto, fueron elaboradas con madera rescatada de la construcción original del Instituto.
Con el paso de los años las demandas se hacen sentir por lo que el 18 de julio de 2011 se da inicio a la construcción de la primera etapa del nuevo patio techado que es entregado el 19 de febrero de 2014.
El 22 de diciembre de 2011 el Instituto renueva la Certificación de “Gestión escolar de Calidad” por el período de cinco años, 2011-2016.
El 2013, en el marco del 130 Aniversario del Instituto, se inaugura la Galería Litúrgica ubicada en el hall de ingreso a la Dirección y Sala de Profesores. En ella se exhiben signos litúrgicos que han acompañado la vida del instituto y de las religiosas de la Inmaculada Concepción desde su llegada a esta recóndita ciudad sureña. Entre otros objetos se pueden apreciar máquinas para la elaboración de hostias, campanillas, crucifijos, libros litúrgicos como el Missale Romanum de 1945, estolas, imágenes sagradas de san José, el Niño Jesús, la Virgen María, todas con más de un siglo de historia y que fueron traídas a Valdivia por las primeras religiosas alemanas. Se trata de una recopilación histórica que el Instituto ha querido conservar y rescatar como un signo palpable que valora su historia y las personas que han sido y son parte de este proyecto educativo y evangelizador.
Siempre en el marco de los 130 años, en el hall al frente de la Capilla, Mons. Ignacio bendice la Puerta Histórica elaborada con madera nativa de la zona, que perteneció al colegio levantado en 1897 y que estuvo emplazado en el mismo lugar donde hoy se exhibe la puerta.
Hoy con sus 137 años de vida, el Instituto integra la Red Educacional de los Colegios Inmaculada Concepción en Chile; cuenta con una matrícula de 999 estudiantes repartidos desde Pre-Kinder a Cuarto Año de Enseñanza Media. Sus directivos junto a todos los integrantes del Instituto siguen haciendo suyo el desafío inspirador de Madre Paulina: Entregar a sus estudiantes las herramientas para una sólida formación académica, valórica y cristiana, que les permitan servir a la sociedad, a su país y a la Iglesia.